PDBファイルを読み込んで分子の3D構造をインタラクティブに表示 

ここでのPDB[Protein Data Bank]は、下記のGlycine(グリシン,略称Gly)を対象にしています。 3D表示では、各原子をクォータニオン(四元数)とPerspective(パースペクティブ)で処理し、原子のZ位置に応じて結合線のZも調整しています。









マウスオーバーで各原子の回転後の位置が左下に表示され、任意の2個の原子を選ぶと距離が右下に現れます。単位は共に[Å](オングストローム)です。

PDB(Protein DataBank)のファイルは、構造つまり原子間の位置関係が既に分かっていますが、Gaussian等の構造最適化計算(Opt)では新たな構造が提示されるので、この2原子間距離の計算が有効になります。




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